PubMed API and LLM-Driven Hybrid Retrieval System for Biomedical Question Answering

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Autores: Anderson Morillo, Carlos Agamez, Edwin Puertas, Juan Carlos Martinez-Santos, Jairo Serrano

Venue: 2025 IEEE Colombian Caribbean Conference (C3)

DOI: 10.1109/C366505.2025.11340582

Enlaces: IEEE Xplore

El PDF completo no estuvo disponible para extracción automática (acceso IEEE). El resumen siguiente se basa en el abstract oficial publicado y en los metadatos del artículo.

Resumen

Este artículo de conferencia presenta una arquitectura de respuesta a preguntas biomédicas eficiente en recursos. En lugar de depender solo de stacks densos de alto coste, combina extracción de términos clave con LLM y puntuación estadística de weirdness con recuperación de documentos vía la API de PubMed, y genera respuestas con ingeniería de prompts y RAG usando Qwen3-30B-A3B.

Problema

Los sistemas de QA biomédico suelen intercambiar precisión por grandes presupuestos de cómputo en recuperación y generación. Los autores buscan un pipeline más ligero que siga usando acceso estructurado a literatura (PubMed) y LLMs modernos, orientado a despliegues donde el coste computacional importa.

Método

Según el abstract oficial, el sistema:

  • Extrae términos clave con modelos de lenguaje grandes
  • Puntúa términos con weirdness estadística respecto a un corpus general
  • Recupera literatura mediante la API de PubMed
  • Genera respuestas con prompting few-shot e instruccional más Retrieval-Augmented Generation (RAG) con el modelo Qwen3-30B-A3B

La evaluación se reporta sobre el benchmark BioASQ.

Resultados

El abstract indica desempeño competitivo en tipos Factoid y Summary en BioASQ. Aquí no se reiteran cifras exactas porque el PDF completo no pudo verificarse; consulta el registro IEEE para tablas y detalle experimental.

Por qué importa

  • Conecta la línea de trabajo previa en weirdness del laboratorio con recuperación biomédica
  • Enfatiza un diseño híbrido ligero (API + RAG con LLM) frente a solo búsqueda densa de alto cómputo
  • Sitúa el stack en QA biomédico práctico donde PubMed sigue siendo la fuente de literatura de referencia